Ditambah lagi, tudingan sebagai anti Islam makin terlihat dari beberapa kebijakan Benny di internal TNI. Disebut-sebut perwira berlatar belakang santri sulit mendapat jabatan di masa Benny menjadi Panglima TNI. Dalam buku yang ditulis Dodi Mawardi berjudul "Belajar Uji Nyali Dari Benny Moerdani, Dia Tidak Bisa Dibeli Dengan Uang", latar belakang keluarga Benny dekat dengan Islam. Ayahnya Raden Bagus Moerdani Sosrodirjo, orang Jawa beragama Islam yang pindah ke Sumbawa, Nusa Tenggara Barat. Raden Moerdani seorang guru agama Islam dan seorang haji. Dia juga tercatat sebagai keturunan ketujuh Kanjeng Datuk Kiai Suleman, pengajar Islam dan kepala desa di Sumbawa.
Sebelum menikah dengan ibunda Benny yang berdarah Eropa dan beragama Katolik, Rochmaria Jeannie, Raden Moerdani beragama Islam dan memiliki beberapa anak dari istri sebelumnya yang beragama Islam juga. ia kemuian berpindah agama setelah menikah dengan Jeannie. Seluruh anak-anak dari istri keduanya ini beragama Katolik. Namun, Benny memiliki sejumlah kakak tiri dan banyak saudara yang beragama Islam. Pengaruh Islam masih cukup kental mengalir pada Benny.
Kakek dan nenek dari sang ayah serta seluruh keluarga besarnya adalah muslim. Anggapan Benny anti Islam sedikit memudar karena kedekatannya dengan sejumlah pemimpin pondok pesantren. Salah satunya dengan Kiai Asyaad. Benny memperlakukan pemimpin salah satu pesantren di Jawa Timur tersebut bukan hanya sebagai tamu, melainkan juga sebagai guru dan sahabat. Dalam banyak kesempatan, mereka tidak segan tertawa terbahak-bahak, berdua.
Editor : Arif Handono